<판례분석>

제품이 지점에서 본점으로 공급된 후 과세·면세 공통으로 사용된 경우 지점의 공통매입세액 안분계산 방법과 사업장 과세원칙 여부에 대하여

(대법원 2010두23170, 2012.05.09)

현행 부가가치세법에 따른 면세란 일정한 재화 또는 용역의 공급에 대해 부가가치세의 납세의무를 면제하는 제도이다. 이는 기초생활 필수품, 국민후생 및 문화관련 재화·용역 등에 대하여 부가가치세를 면제함으로써 주로 저소득층의 부가가치세의 부담을 경감시켜주기 위해 도입하였다.

이에 따라 과세사업과 관련하여 재화를 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세되지만 면세사업과 관련하여 재화를 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 않는다.

따라서 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되나 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다.

다만 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액의 경우에는 일정한 방법에 따라 안분하여 계산한 금액을 면세사업에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액을 공제하지 아니하게 되는데 이를 공통매입세액의 안분계산이라 한다.

공통매입세액 안분계산 규정이 적용되려면 첫째 과세·면세사업의 겸영, 둘째 과세·면세사업에의 공통사용, 마지막으로 실지귀속의 불분명 요건이 충족되어야 한다.(부

가가치세법 시행령 제61조 제1항)

이번 컬럼에서는 주사업장 총괄납부승인을 받은 본·지점간 거래에서 공통매입세액 안분계산 규정과 관련한 의미 있는 대법원 판결 사례가 있어 이를 통해 공통매입세액의 안분계산의 의의와 방법 등에 대해서 알아보고자 한다.

00주식회사(이하 “원고”라 한다)는 방화문을 제조·판매하는 전문건설업 등록업체로서 서울에 본점과 수원에 지점을 두고 총괄납부승인을 받은 법인사업자이다.

원고의 수원지점은 방화문 등을 생산하기 위한 원재료 등을 매입하여 방화문 등을 제조한 후 일부는 바로 판매하기도 하나 거의 대부분의 제품은 주된 사업장인 본점에 공급하며 본점에서는 공급받은 방화문 등을 판매하거나 건설업체로부터 하도급받은 방화문 설치공사 등을 시공하는데 사용하였다. 이 과정에서 원고의 본점에서는 조세특례제한법상 부가가치세 면제 대상인 국민주택 등에 상당부분을 공급하기도 하였다.

이와 관련하여 원고는 2008년 제1기 부가가치세 신고 당시 면세사업과 관련된 매출이 발생한 본점에 대하여는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)이 있다는 이유로 부가가치세법 시행령에서 정한 매입세액 안분계산 방법에 따라 면세사업에 관련된 매입세액 불공제분을 반영하여 부가가치세를 계산하고 지점에 관하여는 지점 매출세액에서 매입세액을 차감 한 환급세액을 계산한 후 본점에서는 이를 총괄하여 부가가치세 조기환급을 신고하였다.

이에 00세무서장(이하 “피고”라 한다)는 원고의 본점에 대한 실지조사과정에서 원고가 신고한 부가가치세 중 지점분에 관하여도 공통매입세액이 있다고 보아 본점과 지점의 총 공급가액에서 본점과 지점의 총 면세공급가액을 비율을 곱하여 산출한 매입세액을 면세사업과 관련한 공통매입세액으로 보아 매입세액 불공제 처분을 하였다.

이 사건의 쟁점은 지점에서 재화를 공급받아 본점에서 면세매출이 발생한 경우 지점에도 공통매입세액이 존재하는지 여부와 지점의 공통매입세액을 안분 계산 할 때 사업장 단위별 즉 지점의 면세공급가액과 총 공급가액을 기초로 하지 않고 본·지점 총 공급가액대비 본·지점 총 면세공급가액 비율을 기초로 하는 것이 정당한 지 여부이다.

당초 행정심(서울행정법원2009구합8908, 2010.02.26.)에서는 “…중략 주사업장 총괄납부승인을 받았더라도 납부세액 계산에 한하여 사업장간 통산이 허용될 뿐이며 이때에도 납부세액이 아닌 매출세액이나 매입세액은 통산할 수 없다.(대법원 1989.627. 선고 88누9497 판결, 대법원 2005.6.10선고 2005도1855 판결 등 참조) 또 원칙적으로 면세매입세액은 사업장과세의 원칙에 따라 사업장별로 ”공통매입세액 × 면세공급가액/총 공급가액“이라는 산식에 의하여 계산하도록 규정되어 있다. …중략… 원고의 지점에서 제조된 제품이 본점으로 공급된 후 본점에서 과세매출과 면세매출이 공통으로 사용된다는 이유로 원고의 지점에도 공통매입세액이 있다고 한 것은 사업장과세의 원칙에 반하는 것이므로 본점과 지점의 매출세액을 통산할 수 없다.”고 판시하였다.

그러나 고법(서울고법2010누10275, 2010.09.09.)에서는 “원고의 수원지점에서는 방화문 등을 생산하기 위한 원재료 등을 매입하여 방화문 등을 제조한 후 그 중 일부는 직접 판매하고 대부분은 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 자기의 과세사업을 위하여 자기의 다른 사업장(본점)에서의 원료, 자재 등으로 사용·소비하기 위하여 반출하는 경우로서 재화의 공급에 해당하지 아니하여 부가가치세 비과세사업에 해당한다고 할 것이다. 이에 원고의 수원지점은 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 함께 영위한다고 봄이 상당하다.

위와 같은 사실관계를 토대로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 원고의 수원지점의 공통매입세액을 안분 계산함에 있어서 본점의 매출과 지점의 매출액의 합계액을 기준으로 한 면세비율에 따라 공통매입세액을 안분 계산하여야 할 것이다.”라고 판시하면서 “공통매입세액 안분 계산 시 총 공급가액을 산정함에 있어 수원지점만을 기준으로 하는 것보다는 본점과 지점의 과세공급가액과 비과세(면세)공급가액의 합계액을 기준으로 삼은 이 사건 처분의 계산방식이 결코 원고에게 불리하지 않다.”라고 판단하였다.

하지만 대법원에서는 고법의 판단은 “부가가치세법상 비과세사업의 의미나 공통매입세액의 안분계산 등에 관한 법리를 오해하여 판결한 사항으로 위법이 있다.”고 대법원은 판단하였다.

즉 “원래 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 부가가치세법 제6조 제1항이 규정한 ‘재화의 공급’에 해당하지 않지만, 부가가치세법시행령 제15조 제2항은 사업장 과세의 원칙(법 제4조 제1항)에 따라 과세거래를 용이하게 파악하고 납세자의 자금 부담을 완화하여 주기 위하여 이를 재화의 공급으로 의제하고 있는 것일 뿐이므로 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적이 아니라 다른 사업장에서 원료·자재 등으로 사용·소비하기 위하여 반출하는 경우 그것이 재화의 공급으로 의제되지 않는다고 하여 그 재화가 비과세사업에 사용되었다고 할 수는 없다.

따라서 원고의 수원지점이 방화문 등을 제조하여 본점으로 반출하는 것이 재화의 공급에 해당하지 않는다는 사정만으로 수원지점이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 해당한다고 볼 수 없다.”고 대법원은 판시하면서

“원고의 수원지점이 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 해당하고 나아가 수원지점의 공통매입세액 중 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업 등에 관련된 매입세액은 수원지점과 본점의 총 공급가액의 합계액에 대한 비과세 및 면세 공급가액의 합계액의 비율에 따라 안분계산 하여야 한다는 취지로 판단한 원심의 판단에는 위법하다.”고 판결하였다.

나아가 “원고의 수원지점이 과세사업과 면세사업 등을 겸영하고 있다고 하더라도 부가가치세는 사업장 과세의 원칙에 따라 사업장마다 납부하여야 하고 원칙적으로 각 사업장 소재지가 납세지가 되며 각 사업장은 과세 상 독립된 장소적 단위가 되므로 수원지점의 공통매입세액 중 매출세액에서 공제하지 아니하는 면세사업 등에 관련된 매입세액은 특별한 사정이 없는 한 수원지점 만의 총 공급가액에 대한 면세공급가액 등의 비율에 의하여 안분계산 하여야 한다.”고 판시하였다.

이는 대법원이 공통매입세액 안분계산 규정의 장소적 적용범위와 관련하여 기존 견해와 행정해석과는 다른 사업장 과세원칙에 충실한 해석론을 처음으로 제시하였다는 점에서 큰 의미가 있다.

한편 당초 행정심에서는 “자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 자기의 면세사업을 위하여 사용 또는 소비하는 것은 재화의 공급으로 보아야 하고 그에 관한 부가가치세를 부담하여야 한다.”고 판단하였다. 이는 본점에 공급한 재화 중 면세사업에 전용된 부분은 매출세액을 부담하여야 한다는 것을 말한다.

“이와 같은 취지는 부가가치세가 최종소비자에게 전가가 예정된 간접소비세인데 과세사업을 위하여 생산 또는 취득함으로써 매입세액을 공제받은 재화를 면세사업에 전용하는 경우에는 매출세액이 발생하지 아니하여 부가가치세의 전가가 중단되므로 이러한 경우의 사업자를 최종소비자의 지위에 있는 것과 마찬가지로 봄으로써 부가가치세의 기본구조를 유지하고 다른 면세사업자가 그와 같은 재화를 공급받는 데 부가가치세를 부담하는 것과의 과세의 형평을 유지하기 위한 데 있다.(대법원 1992.08.14.선고 91누13229 판결 등)”고 판시한 점에 대해서는 주목할 필요가 있다고 판단된다.